1. Troy ist jetzt nicht mehr der zu besiegende champion, sondern jetzt ist es Wassili.

2. Der achte Arenaleiter heißt nun nicht mehr Wassili, sondern Juan.

3. MAn kann nun Rayquaza vor der Pokemon-Liga im Himmelturm auf Lv. 70 fangen.

4. Man kann nun Kyogre und Groudon fangen.

5. Die Arenaleiter haben oft neue Pokemon.

6. Beide Charakteren sind grün angezogen.

7. Hat man den Hoenn-dex vervollständigd erhält man von Prof. Birk Feurigel, Karnimani, oder Endivie.

8. Es gibt nun zwischen Malenfroh City und Bad Lavastadt einen Trainerberg.

9. Man kann nun viele legendäre Pokemon fangen(manche jedoch nur mit  speziellen Karten):

10. Man kann nun alle beide Fossilien bekommen und damit alle folgenden Pokemon:

11. In der Safari-Zone kann man nun mehr Johto-Pokemon fangen(erst nach der Pokemon-Liga verfügbar):

12.1: Es gibt nun eine Kampfzone mit 7 Orten:
12.2: hier kann man auch zwei seltene Pokemon fangen:

13. Nun stehen nicht mehr Groudon, oder Kyogre im Mittelpukt, sondern Rayquaza:
 

Nachteile:

folgende Pokemon, die für den Hoenn-Dex nötig sind,  kann man nur durch Tausch mit Rubin/Saphir erhalten: